Den Großteil ihrer Studiengänge bietet die Hochschule Wismar an ihrem Campus in Wismar an. Der Bereich Seefahrt der Fakultät für Ingenieurwissenschaften wird jedoch am etwa 60 Kilometer entfernten Standort in Rostock-Warnemünde ausgeführt. In diesem Bereich können vier Bachelor- und zwei Masterstudiengänge belegt werden. Diese werden in der praktischen Ausbildung durch das Maritime Simulationszentrum Warnemünde unterstützt, welches weltweit das einzige Zentrum ist, in dem eine gemeinsame Simulation des nautischen und technischen Schiffsbetriebs unter gleichzeitiger Einbeziehung der landseitigen Unterstützung durch die Verkehrszentralen durchgeführt werden kann.